2026 조합원입주권 양도세 — 2년 이상이면 기본세율, 원조합원·승계조합원이 갈리는 지점

조합원입주권 양도세는 보유기간 2년에서 갈립니다. 1년 미만은 70%, 1년 이상 2년 미만은 60%, **2년 이상이면 기본세율 6~45%**입니다.

2년 이상이어도 60%가 그대로인 분양권과 결정적으로 다른 지점입니다. 소득세법이 두 자산의 세율을 아예 다르게 정해 두었기 때문입니다. 다만 장기보유특별공제까지 받는 쪽은 원조합원뿐이고, 조합원 지위를 사서 들어온 승계조합원은 공제 대상에서 빠집니다.

세율, 원조합원과 승계조합원의 차이, 비과세가 되는 두 가지 길, 대체주택 특례, 청산금 처리까지 2026년 기준으로 정리합니다.

2년 이상이면 기본세율입니다

조합원입주권의 세율은 주택과 같은 구조입니다(소득세법 제104조 제1항).

보유기간	조합원입주권	분양권
1년 미만	70%	70%
1년 이상 2년 미만	60%	60%
2년 이상	기본세율 6~45%	60%

2년 이상 구간에서 격차가 벌어집니다. 과세표준 2억원이라면 입주권은 2억원 × 38% − 1,994만원 = 5,606만원, 분양권은 2억원 × 60% = 1억 2,000만원입니다. 같은 과세표준에 세금이 두 배 넘게 차이 납니다.

여기에 개인지방소득세가 양도소득세의 10%로 별도 부과됩니다.

양도소득세 계산기로 세액 확인하기

원조합원과 승계조합원 — 여기서 세금이 갈립니다

같은 입주권이라도 어떻게 손에 넣었느냐로 취급이 달라집니다. 원조합원은 원래 그 구역에 집을 갖고 있다가 권리로 전환된 사람이고, 승계조합원은 그 지위를 사서 들어온 사람입니다.

구분	원조합원	승계조합원
보유기간 기산일	기존 주택 취득일	입주권 취득일
장기보유특별공제	3년 이상 보유 시 인가 전 양도차익에 적용	적용 없음
1세대 1주택 비과세	요건 충족 시 가능	대상 아님

장기보유특별공제의 근거인 소득세법 제95조 제2항은 공제 대상 조합원입주권에서 “조합원으로부터 취득한 것”을 괄호로 빼놓았습니다. 승계조합원에게 공제가 없는 이유가 여기 있습니다.

원조합원이라고 무조건, 그리고 전액을 공제받는 것도 아닙니다. 우선 다른 자산과 마찬가지로 보유기간 3년 이상이라야 공제가 시작됩니다. 그리고 공제 대상은 관리처분계획 인가일 전의 토지분·건물분 양도차익으로 한정됩니다. 인가일 이후에 붙은 프리미엄에는 보유 기간이 아무리 길어도 공제가 붙지 않습니다.

실제 계산으로 보면 양도차익을 인가일 기준으로 둘로 쪼갠 뒤, 앞쪽 차익에만 기존 주택 취득일부터 인가일까지의 기간으로 공제율을 매기는 구조입니다.

입주권만 있어도 비과세되는 두 가지 길

소득세법 제89조 제1항 제4호는 조합원입주권 1개를 보유한 1세대에 비과세를 열어 둡니다. 공통 조건은 관리처분계획 인가일 현재 기존 주택이 1세대 1주택 비과세 요건을 갖췄을 것입니다. 그 요건은 원칙적으로 2년 보유이고, 취득 당시 조정대상지역이었다면 2년 거주가 더 붙습니다. 다만 시행령 제154조에 보유·거주기간을 요구하지 않거나 달리 적용하는 예외가 따로 있습니다.

기준일도 사업 유형에 따라 갈립니다. 재개발·재건축은 관리처분계획 인가일, 소규모주택 정비사업은 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」상 사업시행계획 인가일을 봅니다. 인가 전에 기존 주택이 이미 철거됐다면 철거일이 기준일입니다.

경로	조건
가목	양도일 현재 다른 주택과 분양권이 없을 것
나목	양도일 현재 그 입주권 외에 1주택만 소유하고(분양권은 보유하지 않을 것) 그 주택 취득일부터 3년 이내에 입주권을 양도할 것

나목은 새 집이 완성되기 전에 살 곳을 먼저 마련한 경우를 위한 통로입니다. 조문이 괄호로 **“분양권을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다”**를 달아 두었으므로, 집 한 채와 분양권을 같이 들고 있으면 3년 요건을 채워도 이 길은 막힙니다. 3년을 넘겼더라도 대통령령이 정한 부득이한 사유에 해당하면 인정됩니다.

두 경로 모두 양도 당시 실지거래가액이 12억원 이하여야 전액 비과세이고, 12억원을 넘으면 법정 산식으로 안분한 차익이 과세됩니다.

반대 방향도 기억해야 합니다. 입주권을 들고 있는 상태에서 보유 중인 주택을 팔면, 그 주택은 원칙적으로 1세대 1주택 비과세에서 빠집니다(제89조 제2항). 다만 시행령 제156조의2가 종전주택을 일정 기간 안에 양도하는 경우, 새 집 완공 후 입주하는 경우, 상속·동거봉양·혼인으로 겹친 경우 등에 특례를 두고 있어, 해당 요건을 채우면 비과세가 유지됩니다.

재건축 기간에 산 대체주택 — 기한은 3년입니다

집이 헐리는 동안 살 곳이 필요해 산 집에는 별도 특례가 있습니다(소득세법 시행령 제156조의2 제5항). 적용 대상은 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택의 정비사업 시행기간 동안 거주하려고 취득한 주택입니다. 아래 세 가지를 모두 갖추면 그 대체주택을 1세대 1주택으로 보아 비과세합니다.

1. 사업시행계획 인가일 이후에 대체주택을 취득해 1년 이상 거주
2. 새 집이 완성된 후 3년 이내에 세대 전원이 이사해 1년 이상 계속 거주
3. 대체주택을 새 집 완성 전 또는 완성 후 3년 이내에 양도

자주 어긋나는 지점 — “2년”이라는 옛 안내

인터넷에 남아 있는 설명 상당수가 2번과 3번의 기한을 2년으로 적고 있습니다. 2023년 시행령 개정으로 3년이 된 내용이고, 국세청 국세상담센터도 현재 “완성된 후 3년 이내”, “완성된 후 3년 이내에 양도”로 안내합니다.

1년 차이지만 새 아파트 입주 시기가 밀리는 현장에서는 특례가 살아남느냐 마느냐를 가릅니다. 반대로 대체주택에서의 1년 이상 거주와 새 집에서의 1년 이상 계속 거주는 그대로입니다. 새 집 거주는 “계속하여”라는 문언이 붙어 있어, 1년의 계속거주 기간을 채우기 전에 전출하면 원칙적으로 요건을 충족하지 못합니다.

세 요건은 원칙적으로 모두 채워야 합니다. 다만 세대원 일부가 취학·근무상 형편·질병 요양 등 부득이한 사유로 이사하지 못하는 경우처럼, 시행령이 따로 정한 예외가 있습니다. 요건이 하나 어긋난 것 같아도 예외 규정을 먼저 확인하세요.

청산금과 신고

조합과 주고받는 청산금은 방향에 따라 반대로 처리됩니다.

• 낸 청산금: 취득가액에 더해져 나중에 양도차익을 줄입니다.
• 받은 청산금: 종전 부동산 가운데 그 몫을 판 것으로 보아 별도로 양도소득세가 과세됩니다. 양도시기는 원칙적으로 대금을 청산한 날이고, 대금청산 전에 소유권이전등기를 했다면 등기접수일입니다.

받은 청산금은 조합이 지급자료를 국세청에 제출하므로 신고 누락이 자료 대조로 확인될 수 있습니다. 국세청도 이 항목을 별도 안내 페이지로 두고 있습니다.

신고 기한은 일반 양도와 같습니다. 양도일이 속한 달의 말일부터 2개월 이내 예정신고, 개인지방소득세는 그로부터 2개월 더 뒤가 기한입니다.

근거 자료

• 국가법령정보센터 — 소득세법 제89조(비과세 양도소득)
• 국가법령정보센터 — 소득세법 제95조(양도소득금액과 장기보유 특별공제액)
• 국가법령정보센터 — 소득세법 제104조(양도소득세의 세율)
• 국가법령정보센터 — 소득세법 시행령 제154조(1세대 1주택의 범위)
• 국가법령정보센터 — 소득세법 시행령 제156조의2(주택과 조합원입주권 등을 소유한 경우 1세대 1주택의 특례)
• 국세청 — 재건축·재개발 청산금 등에 대한 조합원 양도소득세 신고·납부
• 국세청 국세상담센터 — 일시적 2주택·대체주택 비과세

기준 시점: 2026년 8월. 세율·요건은 개별 사안과 이후 개정에 따라 달라지므로, 양도 전 국세청 또는 세무대리인에게 확인하세요.

함께 보면 좋은 글

• 2026 분양권 양도세 — 1년 미만 70%·1년 이상 60% 세율과 입주권과의 차이
• 2026 양도소득세 계산법 — 양도차익·장기보유특별공제·세율과 1세대 1주택 비과세 12억
• 2026 1세대 1주택 비과세 요건 — 1세대 판정부터 2년 보유·2년 거주까지
• 2026 양도소득세 신고기한 — 예정신고 2개월과 5월 확정신고, 지방소득세는 두 달 더